בבחירות שהתקיימו במאי 1999 נבחר לראשות הממשלה אהוד ברק.
במהלך כהונתו התבצעה נסיגה חד-צדדית מלבנון, בתמיכת הציבור בישראל, וב-24 במאי 2000 יצא אחרון חיילי צה"ל מרצועת הביטחון בלבנון.
בניגוד לתקוות ודרישות ישראל, לא התפרס צבא לבנון באזור, וכוחות החזבאללה שלטו בו. מאז הנסיגה שרר שקט יחסי בגבול הצפון שבא לסיומו באופן חד ביולי 2006 עם חטיפת שני חיילי צה"ל בידי חזבאללה והריגת חיילים נוספים.
בתגובה לכך פתחה ישראל בלחימה בחזבאללה על כלל שטח לבנון, שהתפתחה למלחמת לבנון השנייה, ושהובילה לפריסת כוחות בינלאומיים רחבים (יוניפי"ל) ושל צבא לבנון בדרום לבנון.
בשנת 2000, בסמוך לעליית מנהיג האופוזיציה, אריאל שרון, להר הבית, החל גל טרור פלסטיני ומאבק אלים ומתמשך בין ישראל לפלסטינים במסגרת האינתיפאדה השנייה. באוקטובר 2000 פרצו מהומות אוקטובר 2000, שבהן נהרגו 13 אזרחים ערביים ואזרח יהודי אחד, אחרי מהומות קשות ואלימות מצד ערביי ישראל.
בעקבות המהומות הוקמה ועדת אור, וחלה הרעה ביחסי יהודים-ערבים בישראל.
חיילים מפנים מתנחלים מבתיהם כחלק מתוכנית ההתנתקות.
ב-2001 נערכו בחירות מיוחדות לראשות הממשלה, בעקבות התפטרות ראש הממשלה ברק, שבהן ניצח שרון.
השנים 2001–2004 היו קשות מבחינת פיגועים, שיא הפיגועים היה ב"מרץ השחור" (2002), אשר הוביל למבצע חומת מגן.
הפעילות הצבאית הניבה תוצאות וגל הטרור דעך. בעקבות האינתיפאדה הוחלט לבנות את גדר ההפרדה לאורכה של מדינת ישראל, ברובה סמוך לקו הירוק. בבחירות לכנסת ה-16, כשלוש שנים לאחר מכן, שב שרון, יו"ר הליכוד, וניצח באופן ניכר.
המהלך המשמעותי ביותר של ממשלת ישראל בראשותו של שרון הייתה תוכנית ההתנתקות ב-2005, שבמהלכה, באורח חד-צדדי וללא הסכם, פונו ההתנחלויות הישראליות ברצועת עזה ובצפון השומרון. לקראת בחירות 2006, עזב שרון את הליכוד והקים את מפלגת המרכז קדימה.
עוד לפני הבחירות, אושפז שרון והוחלף בידי אהוד אולמרט, שגם הרכיב את הממשלה לאחר הבחירות.
בנוסף לאירועים הביטחוניים-מדיניים חלו שינויים בישראל גם בתחומי הכלכלה והחברה. שרי האוצר בתקופה זו היו סילבן שלום (עד 2003) ובנימין נתניהו (עד אוגוסט 2005).
בעקבות האינתיפאדה המשק נכנס למיתון בשנים 2002–2004 אך לאחר מכן התאושש ושב לצמוח, תוך כדי העמקת הפערים בין העשירונים ופגיעה בקצבאות הסעד.
כמו כן הופרטו מספר חברות ממשלתיות גדולות, בהן אל על, מפעל הנשק הקל של תע"ש, בזק ובנק דיסקונט.
בגזרת רצועת עזה שאחרי ההתנתקות המשיכה הלחימה בין ישראל לארגוני הטרור, ובראשם חמאס שאף השתלט צבאית על הרצועה אחרי שזכה בבחירות הפלסטיניות.
ב-25 ביוני 2006 נחטף החייל גלעד שליט, דבר שהביא לפתיחת מבצע גשמי קיץ. כתגובה ירי הגובר של רקטות מרצועת עזה יצאה ישראל למספר מבצעים שהביאו בסיומם להפסקות אש זמניות: ב-27 בדצמבר 2008 עד 18 בינואר 2009 נערך מבצע עופרת יצוקה, ב-14 בנובמבר עד 21 בנובמבר 2012 מבצע עמוד ענן וב-8 ביולי 2014 עד 26 באוגוסט 2014 נערך מבצע צוק איתן.
בעקבות המבצעים נמתחה ביקורת קשה על ישראל והיא הואשמה בפשעי מלחמה, והוקמו ועדות לבדיקת הנושא מטעם האו"ם: צוות הבדיקה של האו"ם בנושא העימות בעזה בראשות ריצ'רד גולדסטון (בעקבות עופרת יצוקה) וועדת שייבס (בעקבות צוק איתן).
- ויקיפדיה